労働者の賃金については、賃金全額払いの原則があるので、会社が賃金を一方的に控除することは原則としてできません。
この原則は、会社による賃金との一方的な相殺の禁止も含みます。
この原則の例外としては、法令（たとえば、税金や社会保険料の源泉徴収）に基づく場合と事業場の労働者代表者と使用者との間で労使協定を締結し、賃金の一部控除の定めをしている場合です。
後者の賃金控除の労使協定は、「購買代金、社宅、寮その他の福利、厚生施設、社内預金、組合費等、事理明白なもの」であることが必要であり、控除の対象となる具体的な項目と各項目別に定める控除を行う賃金支払日を定めます。
したがって、会社の貸付金も、あらかじめ労使協定において貸付金の返済に関する控除項目と控除を行う賃金支払日が定められていれば、それに基づいて会社は未払賃金と貸付金残金とを対等額で相殺できます。
ただし、賃金（退職金を含みます。）はその４分の３が差押禁止とされていますので、差押禁止の部分については相殺もできませんので、注意してください。