【遺産相続⑳】でご説明したとおり、相続人のうち、被相続人の生前、特別な財産の提供（特別受益）を受けたような場合には、それを戻して遺産を計算し、遺産分割をすることになります。
ご質問のケースでは、以下のとおり計算することになります。
5000万円＋4000万円＝9000万円
9000万円÷3＝3000万円（あなたと妹さんが本来もらえる分）
問題は、お兄さんです。
お兄さんは、生前、お父様から、本来もらえるはずの金額よりも多くの特別受益を受けています（本来お兄さんは、3000万円もらえるはずですが、4000万円をもらっています。）。
このような場合、お兄さんから、あなたに不足分を戻す必要があるようにも思えます。
しかし、法律では、もらったものを戻すことまではする必要がないとされています。
したがって、ご質問のケースでは、お兄さんは、これ以上もらえないことになり、あなたと妹さんが残された遺産の5000万円を2人で分けることとなり、それぞれ2500万円ずつもらうことになります。