清算手続の過程で、会社に債務超過の疑いが生じた場合（債務超過が明白な場合及び支払不能の場合も含む）には、特別清算手続に移行します。
なお、特別清算手続を回避するために、清算手続開始前に債務超過が判明している場合には、超過分について事前に債務の免除を得たり、手続開始後に免除を得る合意を取り付けることが行われています。
特別清算手続が完了するためには、最終的に、「協定」を債権者集会の多数決で成立させることが必要となります。
したがって、大口債権者の協力が見込めない場合には、特別清算手続は完了せず、破産に移行せざるを得ません。
また、清算手続の過程において、経済情勢の変動などが生じ、会社の清算を取りやめて事業を継続したい場合も考えられます。
このような場合には、清算が結了するまでであれば、株主総会の特別決議により、会社の継続を決定することができます。